法人税の納付額と消費税の還付額は相殺できます。

法人税と消費税のように国税同士・地方税同士であれば相殺可能です。

その場合には、法人自ら届出書を出して申し出をしなければいけません。

申出書の書式は決まっていませんので、内容が伝わる書面で確定申告時に提出して下さい。